情報セキュリティ管理者が不在の場合、各種承認対応等は、上位権限者であるトップマネジメントが対応して問題ないか？

情報セキュリティ管理者が不在の場合の職務代行について、トップマネジメントが対応することは問題ありません。
その場合の考慮事項として、以下を整理いただくことをおすすめします。

・承認フローに滞りがないよう、従業員に周知する
・システム上の承認者設定を見直す