合併により会社が統合された場合、再認証審査を存続会社単独の認証として進めることは問題ありません。
合併後の再認証審査は、存続会社単独の認証として進める形となります。
ただし、合併により人員増加、認証範囲の変化などが一般的に生じますので、早めに認証機関に相談する必要があります。
さらに、重要な事項として、合併される組織側の認証が別途存在する場合であって、合併される組織の認証が事業上重要な場合は、合併される組織の認証が途切れないよう再認証審査の結果を待って、合併される組織の認証を返上するなど対応策を検討する必要があります。