ISMSにおいて、業務引継ぎ等の必要がある場合に退職者のアカウントやアクセス権を一時的に残す運用は問題なく、規程をその運用に合わせて変更してよいと考えます。
ISMSの審査では規程で定めたとおりに運用されているかが確認されるため、「退職時に削除する」とだけ定めたまま例外的にアカウントを残すと、ルールと実態の不一致として不適合になります。
例外が必要な場合は、その条件と期限を規程に明記しておくことが重要です。
規程の記載例としては、「システム管理者は、従業者の部署異動・退職が発生した場合は、その従業者のアカウント及びアクセス権を見直し、アカウント削除等の対応を行う。ただし、業務引継ぎ等によりアカウントを一時的に残す場合は、引継ぎ完了後速やかに削除等を行う。」のような書き方が考えられます。
ファイルサーバ等のアクセス権についても、同様に例外と見直しのタイミングを定めておくとよいかと存じます。
運用にあたっては、一時的に残したアカウントが退職者に退職後に不正アクセスできないようパスワードを変更するなどしたり、引継ぎなど完了後も放置されないよう、残す理由、利用者、削除予定日等を記録し、引継ぎ完了後に削除したことを確認できるようにしておくことをおすすめします。